에뎃사 교회는 에뎃사 도시가 로마 제국에 편입되기 이전부터 이미 존재했고 문화적으로도 독립하여 로마교회적 전례와는 달리 시리아 언어의 독자적 전례로 예배를 드려왔었기 때문이다.

이러함에도 동방교회를 네스토리우스교회라고 부르는 이유는 어디에서 연유된 것인가? 예루살렘에서부터 시작된 교회는 안디옥을 중심으로 하는 헬라적 서구 문화를 바탕으로 하는 서구 기독교와 에뎃사를 중심으로 히브리적 동양문화의 전통을 이어온 동방교회로 분류된다. 물론 이들은 모두 예루살렘에 뿌리를 두고 있지만, 당시 정치적으로 로마가 서구세계를 지배하고 중동 아시아를 지배하던 때였던 까닭에 예루살렘교회도 헬레니즘의 영향 아래 놓이게 되었다. 그래서 예루살렘이 파괴된 뒤에 예루살렘교회는 로마의 정치적인 영향 밖에 있었던 페르시아 땅 에뎃사로 이동하여 거기서 모든 유태적 동양 예수교인들이 스스로 “하나님을 경외하는 자들”이란 뜻으로 타르샤(Tarsa)라 칭하며 동양적 전통의 교회를 이어갔다. 이 에뎃사는 역사적으로 일찍이 아브라함이 머물던 하란 땅이며 당시에는 페르시아 영토였기 때문에 아무런 정치적 박해가 없었던 것도 그 이유 중 하나이다. 에뎃사에서 출발한 동방교회는 페르시아제국의 영역에서 쉬지 않고 발전하여 5세기경에는 유프라테스강 동쪽에서 시작하여 저쪽 이집트 시리아 아라비아 소코트라 메소포타미아 갈라디아 페르시아 메디아 박트리아 힐타니아 인도에 이르기까지 광범위한 영역으로 퍼지고 있었다.

그런데 로마와 늘 대립 관계에 있었던 페르시아는 주전 40년경 파르티아 왕조 때 근동의 로마 제국으로 침략하여 시리아를 정복했는데 그때 파르티아는 유대인들에게 해방자로 환영받기도 했으며 또 로마 황제 트라이아누스(AD 97-117)와 하드리아누스(117- ) 치하에서 유대인들은 파르티나와 연합하여 로마에 항거했다가 131년 로마에게 완전히 점령당하고 말았던 역사도 있었기 때문에 이런 모든 관계로 유대인들은 페르시아 땅에서 항상 환영받고 살았으나 예수교인들은 페르시아 땅에서 그러하지 못했다. 로마 사회의 기독교 박해는 64년 네로 황제로부터 305년 디오클레티아누스의 대박해로 끝났다. 이 시기 기독교인들은 로마 제국의 박해를 피해 동쪽의 파르티아 왕조가 지배하던 메소포타미아로 이주한 사람들이 많았다.

그러나 225년 파르티아가 무너지고 페르시아계 사산 왕조가 들어서자 기독교도들의 운명이 달라지기 시작했다. 사산 왕조는 조로아스터교를 신봉했다. 사산 왕조 샤푸르 1세는 로마의 영토였던 니시비스와 카르헤를 점령하고, 256년에는 시리아를 침공 안디옥을 약탈했으며, 이어 260년에는 에데사 전투에서 로마 황제 발레리아누스를 포로로 잡기까지 했다. 이 과정에서 수많은 포로가 페르시아로 끌려왔는데 그 중 상당수는 기독교인이었다. 그 후 318년 샤푸르 2세 시대에 기독교에 대한 박해가 시작됐다. 기독교인들이 적국 로마와 내통하지 않을까 하는 의심에서 비롯된 박해는 옛 바빌로니아 수도였던 수사에서만 2주일간 계속된 학살에서 1만 6천 명이나 죽임을 당했다. 379년 샤푸르 2세가 죽자 비로소 박해가 멈추었으나 40여 년이 지난 420년 바람 5세가 즉위하면서 혹독한 박해가 다시 시작됐다. 사람의 살 껍질을 벗기고, 손발을 묶어 쥐들이 득실거리는 웅덩이에 던졌으며, 몸을 토막 내기도 했다. 446년에 카르카에서 죽은 기독교인 수만 열명의 주교를 포함해 15만 3천여 명이나 되었다. 바로 이곳이 오늘날 이라크 북부 키르쿠크이다.

서방기독교가 325년 니케아회의를 시작으로 한참 교리논쟁을 벌이고 있는 동안 동방기독교는 무참한 학살 아래 놓여 있었다.